孙交以衰老不能赴召的辞疏上达朝廷，嘉靖皇帝当即回复：“卿累朝耆旧，清慎老成，顷以佥言召用，且令吏部遣官趣行，其遵初命，即日就道，以副朕简贤图治至意，慎无再辞”。嘉靖皇帝批准侯观乞休之后，户部暂时由左侍郎秦金主其事，户部尚书的位置对孙交早就已经虚位以待了，风尘仆仆赶到北京的孙交再次上疏辞免，嘉靖皇帝仍然不批准，还赞扬他名德老成，让其快快就职，孙交仍然不安心，只到他第三次以身体有病要求退休的请求遭到驳回后，才暂时打消了辞归的念头。

此时的孙交虽然已经年近古稀，但他仍然十分敬业，他没有忘记老兴王过去对他的厚爱，为了大明的江山社稷，这位历经四朝的老臣，第一道奏章，就是要嘉靖皇帝坚持日读《皇明祖训》，还要求皇宫的学习讲座每天都要开讲并且长年不断。他认为“圣祖精神心术尽在此书，深有得于大学之道”，言行都要遵循准则，“合则决然行之，悖则决然止之，如此则圣心允合于圣祖之心，而圣治亦可以同符矣”。嘉靖皇帝看到奏章非常高兴，“览奏具见忠爱，朕当一一讲明施行”。

孙交在户部尚书的位置上发挥了许多这样独到的作用，如议迁显陵到天寿山一事，孙交向嘉靖皇帝建议说：“山陵事体重大，太祖欲迁仁祖于钟山，就是担心泄漏了灵气才没有实行，这些事在《皇陵碑》上写得清清楚楚，所以要慎重”。他的一番话让嘉靖皇帝取消了迁移钟祥显陵的计划，他兴利除弊不遗余力，如武宗后期所形成的侈汰风气，造成库藏殚虚。孙交采取裁减中官冗员，除去经制宿弊等办法，使国力逐渐恢复。如正德中，上林苑内臣至99人，侵夺公私地不计其数。嘉靖皇帝即位后命留18人，但不久又复传奉至62人，孙交乞汰如初，且侵夺地尽数归还。御马监阎洪请给外豹房地，孙交说：“先帝以豹房故，贻祸无穷。阎洪等欲修复以开游猎之端，非臣等所敢闻”，在他的坚持下只颁诏以地十顷给豹房，余令百户赵恺等佃种如故。他还奏疏认为各处巡抚官每岁入京议事不便，除漕运总兵、参将八月会议运事外，其余应议重大事止令奏请等等。这些建议，嘉靖皇帝基本上都予以采纳，使朝政振兴，面目一新，因而得到了朝野的许多好评。

特别值得一提的是，在任期间孙交曾有“安陆乃发迹旧都，民贫役重，每岁有起运钱粮，乞改为存留，以培根本”的奏本，获嘉靖皇帝准许，这是孙交为家乡人民所做的最大一件好事。孙交言论谦恭谨慎，从不以势位骄人，因而在朝中颇有人缘，给事中夏言等清核皇庄田，极言皇庄为害于民，在孙交的努力下，使正德以来投献侵牟之地，大多逐渐退还于民，宦戚辈虽从中阻扰，而朝野投以赞许，因此有许多拥护他的朋友。

世讲之好，谓两姓子孙世世有共同讲学的情谊，后称朋友的后辈为世讲。明人称孙交与李东阳为湖广同乡相厚，又与杨廷和之父杨春同中辛丑科进士，有世讲之好。有一次，孙交奉诏上各官庄田数，因为视旧籍有所不同，嘉靖皇帝责问其原因。户部主事林应骢主动承担责任“部疏，臣司检视，即有误，当罪臣，尚书总领部事，安能遍阅？今旬日间，户、工二部尚书相继令对状，非尊贤优老之意”。最后还是孙交出面解释才化解了皇帝心中的疑问，他从容不迫地说：“旧籍多是因为奏请投献，数多有妄报也，新籍少是因为奉命清核，田多除豁也”。显然这是孙交认真调查的结果，因为“帝意稍解”，也让那位“妄言奏扰”的户部主事只受到夺俸两月的处罚。

孙交还有一个部下叫杨淮，无锡人。在孙交的支持下“始监京仓，革胥徒积弊殆尽。继监淮、通二仓，罢中官茶果之供，除囤基及额外席草费，最后监内库，奄人例有供馈，淮悉绝之”。可惜这位勤廉的好官，因议大礼伏阙受杖，倒在他的为官之任上。抚治郧阳的右副都御史方良永以母老八旬，连具两书要求回家奉养，孙交知道他“家无赢赀”要养母很困难，就帮他向皇帝求情，建议“用侍郎潘礼、御史陈茂烈故事，赐廪米”，以孝见称的嘉靖皇帝批准“月给三石”予以救济，其母过世后还得到赐祭葬的优待。后来方良永在“奉司徒孙九峰公”一文中称：是孙交的帮助，才使“母子得相保守，以终天年，其为赐且轻九鼎矣”！表达了对孙交的无限感激之情。

已经年满七十的孙交加快了乞休的步伐，孙交连续五次引例乞休，都给事中李学曾上了一道请信任大臣以广忠益疏认为：“尚书孙交、林俊每议节财用、公刑法，皆正本清源之论，陛下或应而不从，或从而不尽，宜其累疏乞休不已也”，得不到皇帝的支持，什么事情也做不成，留在这里还有什么意思呢？显然这是孙交“求去”的最主要的原因。嘉靖皇帝主动对孙交摆出了支持的姿态，令鸿胪寺官员传旨：“卿自召用以来，随事纳忠屡有嘉谋，裨益新政，况精力未衰，岂可固求休退，其即起视事”。

在生活上嘉靖皇帝对孙交也多有照顾，知道他病了就派身边御医上门为他诊疗，还把孙交任陕西道御史的大儿子孙元，调到京城改为翰林院编修，把小儿子孙京吸收到国子监读书，以方便他们对孙交进行照顾。南京粮米告急，孙交提出建议：“漕运计程已过淮、徐，况系京仓四百万数，截留非宜。惟苏、松、湖州三府折色米解京者，可量留十万，及各衙门赃罚在仓粮米，间月支放。各处屡年应解南粮督令完纳，如催征辗转无以济急，或将嘉靖三、四年苏、常诸府该运府、部衙门粮米改拨一万石于南京，庶可少苏目前之乏”，这次嘉靖皇帝是照单全收，“诏俱从之”，使南京94379名官吏军匠有了生活保障，消除了“军饥患生不测”的隐忧。根据各地遭受的水旱灾情，孙交奉旨召开户部会议，上赈恤事宜，其中就折漕粮、发内帑、惩侵欺、任抚牧、行劝借、处财用等六款提出了切实可行的意见，再次受到嘉靖皇帝的重视，除了命发太仓银二十万分给赈济有所不足外，余悉如议。

这是孙交给嘉靖皇帝交出的最后一份答卷，关于孙交的去留问题，在兵科给事中赵汉上疏后，嘉靖皇帝才有所松动，赵汉说：“兵部尚书彭泽、户部尚书孙交以病乞休屡荷温旨慰挽，但今水旱寇虏方亟，非伏枕可筹，宜听其去，以成大臣恬退之美”。嘉靖皇帝认为所奏诚恳，也是他成人之美的时候，加上孙交的乞休疏也让他不忍再留，疏中说：“臣恐不获生还，复如毛澄矣”。时礼部尚书毛澄乞骸死在回家的路上，听到孙交这么一说，嘉靖皇帝更感到悲伤，“上闻恻然，允其请”，因此五日后就批准了孙交退休的请求。手诏加“太子太保”衔，安排他驰驿还乡赐给道里费，使其享受从一品的待遇，还令其子编修孙元侍行，并要求有司月给米3石，岁拨夫4名，岁时以礼存问，就这样孙交怀揣封赏诏书，在家眷和护卫的簇拥下，一路谈笑风生荣归故里。