这时，曾铣与延绥、宁夏抚臣想西从定边营，东到黄甫川一千五百里，修筑边墙防御敌寇，请求金币数十万，打算三年完工。奏章一并下到兵部。部臣感到困难，请求下令诸镇文武将吏协议。皇帝下诏书告知说“：敌贼占据河套为患中国已经很久了，我日夜惦念这件事，边臣没有分担主子忧愁的人。现在曾铣倡导恢复边疆的提议很壮烈，其令曾铣与诸镇臣子悉心研究方略，给予修边费用二十万两。”曾铣于是更加坚决。但诸巡抚延绥张问行、陕西谢兰、宁夏王邦瑞及巡按御史盛唐以为困难，长久不到一起会奏。曾铣大怒，上疏向皇帝请求，皇帝责备了诸位巡抚。等到张问行被罢后，杨守谦代替他，杨守谦的意见与曾铣相同，曾铣于是集合诸臣逐条奏上方略十八事，之后又献上阵营图八幅，皇帝以赞赏性的口气下旨让朝廷讨论。

廷臣看到皇上的意思是向着曾铣，都与曾铣说的一样，皇帝忽然拿出亲笔诏书晓谕辅臣说：“现在驱逐河套逆贼，师出果真有名吗？土兵粮食果真有余，一定能够成功吗？一个曾铣何足道之，如生民荼毒怎么样？”当初，曾铣建议的时候，辅臣夏言想依靠他来立大功，因而极力主张这样做。这时听到这话，感到非常惊骇，请求皇帝自己裁决，皇帝下令刊发手诏，普遍发给参加讨论的诸臣。

当时，严嵩正与夏言有仇隙，想借此来搞垮夏言，于是极力言说河套一定不能收复。暗中诋毁夏言，故意引罪请求罢职，以便激怒皇帝。不久又明显攻击夏言，他说“：向来拟旨褒奖曾铣，我都没有事先听说。”兵部尚书王以旗会集廷臣复奏，于是全部与以前说的不一样，说河套不可能收复。皇帝于是派官逮捕曾铣，调出王以旗代替他；责怪科道兵不说话，一概在朝廷上用杖拷打，停发薪俸四个月。皇帝虽然恼怒曾铣，但是并不想杀他。咸宁侯仇鸾镇守甘肃时，因阻挠边事遭曾铣弹劾，被逮捕问罪。严嵩过去向来与仇鸾亲近，他获知曾铣的好友苏纲，是夏言继妻的父亲，苏纲与曾铣、夏言曾经往来通话，于是代替仇鸾狱中草就疏章，诬告曾铣掩败不奏，克扣军饷上万，并派儿子曾淳跟着他的亲信苏纲贿赂当权者。这种话绝对没有佐证验检，但皇帝深信他的话，立即将曾淳、苏纲下诏狱。给事中齐誉等人看见皇帝非常愤怒曾铣，请求早日将他依法处置。皇帝责怪齐誉党奸避事，降级调出朝廷任职。等到曾铣押到，法司将他犯的罪比拟边帅失陷城寨所犯的罪。皇帝依照法律正条，将曾铣以交结近侍的条律斩首，妻子流放二千里，即日执行刑法。曾铣死后，夏言也坐罪被斩，而仇鸾被释放出狱。

曾铣有胆略，擅长于用兵，有一年的除夕之夜，突然命令诸将出战。当时塞上没有警情，诸将刚刚准备酒席，不想出战，贿赂铃卒，叫他向曾铣的妻子求情推缓出战。曾铣将铃卒斩首示众。诸将不得已，半夜三更披甲出战。果然遇到敌寇，并将他们击败。第二天入贺完毕，诸将请问原因。曾铣笑着说“：发现乌鹊鼓噪得不是时候，所以才知道的。”诸将都很信服，曾铣廉洁，他死了以后，家里没有剩余的财产。

隆庆初年，给事中辛自修、御史王好问为曾铣辩冤说曾铣志在立功，身遭重法，认识他和不认识他的人，至今都沉痛悼念他。皇帝下诏赠官兵部尚书，谥号襄愍。万历年间，听从御史周磐的请求，在陕西为曾铣建祠纪念。

曾铣还自己创建了一种叫做“慢炮”的火器，就犹如当今的手榴弹一般，其“炮”圆如斗。曾铣还是地雷的发明者，据史载，“曾”式地雷是这样的：“穴地丈余，藏火药于中，以后覆四周，更覆以沙，令与地平，伏火绳于下，系发机于地面人不注意处，过者蹴机，则火坠药发，石飞坠杀，敌惊为神。”