此后，格鲁派藏传佛教在蒙古地区广泛传播，俺答汗从西藏请来许多喇嘛翻译佛经，库库和屯成为喇嘛教活动和翻译佛经的中心。格鲁派藏传佛教给蒙古社会带来了宗教文化知识，如天文、历法、藏医、建筑、艺术、宗教哲理等知识，对于丰富和发展蒙古族文化起到了显著作用。自宣德年间开始蒙古各部开始南迁，至嘉靖末年最终形成了漠南蒙古各部，其中经历了兀良哈三卫南徙、北虏入套、左翼蒙古南迁这三个阶段。

嘉靖朝，漠南蒙古出现了一支强大的势力，那便是土默特部的俺答汗，他虽然不是蒙古大汗，但是却让蒙古大汗十分畏惧，他所统领的军队虽然只是漠南蒙古的一部，但其战斗力足以让整个明军胆战心惊。也正是他，在嘉靖朝中叶，带领蒙古军队围困了仅有羸弱士兵防守的京师，好在俺答汗当时并不想强攻，只是为了逼迫嘉靖皇帝同意他的互市请求，否则，历史可能会被改写，这个事件便是很有名的“庚戌之变”。

很多人都知道这个事件，但是不明白为什么土木堡之变以后，蒙古军队那么长时间都没能再次围困明朝京师，而俺答汗为什么能轻易做到？其中一个重要原因就是投奔俺答汗的白莲教徒的帮助，这些白莲教徒不仅熟悉明朝北边的防线，且对用兵布阵也很有研究。此外，俺答汗让一些白莲教徒帮他制造攻城器械，这样便使得明朝北部的防御能力大大下降，所以蒙古军队能够从容地进攻明朝防守最薄弱的地方，抢掠完毕之后再从容地回到蒙古。

嘉靖帝去世后，隆庆帝继位，新皇帝上任，俺答汗很不给面子，在白莲教徒赵全等人的怂恿下，派兵进攻山西。按照赵全的计谋，俺答汗遣兵六万，兵分四路向明军进攻，在白莲教徒的带领下，蒙古军队很快攻破了长城，先后劫掠了石州、文水、交城、平阳、介休等地。

赵全向俺答汗提出了更高的战略目标，那就是占领明朝的部分长城关口和山西太原等地，这样俺答汗就可以占领北部中国，实现同明朝的南北分治了。俺答汗并没有听信赵全的话，一方面是因为此次入侵，目的就是劫掠自己所需的金银财宝、物资药物等；另一方面，他自己不是蒙古正统大汗，暂时没有实力同明朝进行南北分治。

若是没有什么历史机遇，恐怕明蒙还会继续对峙下去，北方百姓还要继续遭受劫难，然而祸起萧墙，俺答汗有个孙子叫把汉那吉。俺答汗把把汉那吉未婚妻兔扯金女赐与别人，把汉那吉一气之下带领亲信投奔了明朝，明朝十分重视，希望用把汉那吉跟俺答汗交换赵全等白莲教头目。赵全告诉俺答汗，要想得到把汉那吉，只能用武力逼迫的方法，俺答汗觉得有道理，便派兵进攻明朝边地。但是因为明朝有防备，且把汉那吉还掌握在明朝手中，所以这次攻势很快失败了。

对峙陷入僵局，需要破局，大同巡抚方逢时想到，当年赵全曾写过投降信，他便把这个信交给了俺答汗看。如果是在严重对峙、缺少使者交流的时期，赵全的这封信俺答汗是无法看到的，即使看到也不会相信，但是此时明蒙已开始联络，且俺答汗很希望能自己的孙子回来。所以最终双方息兵和谈，并同意换人，这就是史上非常有名的“隆庆和议”。