但梃击案过后，太子检讨缪昌期认为“梃击”后台是魏忠贤为首的阉党，于是义愤地说：奸徒狙击太子宫，能以“疯癫”二字开脱乱臣贼子之罪，以“元功奇货”抹煞忠臣义士吗？后缪昌期被阉党陷害致死。

万历帝驾崩，皇太子朱常洛即皇帝位，大赦天下，宣布改元泰昌，在登基大典上，“玉履安和”，“冲粹无病容”，就是行走、仪态正常，没有疾病的症象。各发银100万两犒劳辽东等处边防将士，罢免矿税、榷税，撤回矿税使，增补阁臣，运转中枢，朝野感动。

朱常洛举行登基大典后仅十天，就一病不起，万寿节也取消了庆典，泰昌帝病重，召内官崔文升治病。崔文升，本是郑贵妃宫中的亲信太监，朱常洛即位以后，升为司礼监秉笔太监，朱常洛患病后，郑贵妃指使崔文升以掌御药房太监的身份，向皇帝进“通利药”，即大黄。大黄相当于泻药。所以，接下来的一昼夜，朱常洛连泻三四十次，身体极度虚弱，处于衰竭状态。后来，廷臣们对于崔文升进药的资格和所进药物是否符合医学原理两点，对其进行猛烈的抨击，给事中杨涟说：“贼臣崔文升不知医……妄为尝试；如其知医，则医家有余者泄之，不足者补之。皇上哀毁之余，一日万几，于法正宜清补，文升反投相伐之剂。”杨涟认为，朱常洛本来身体就虚弱，应当进补，而崔文升反而进以泻药，其心叵测。

当时，朱常洛生母王氏外家、原皇太子妃郭氏外家两家外戚都认为其中必有阴谋，遍谒朝中大臣，哭诉宫禁凶危之状：“崔文升药，故也，非误也！”朱常洛召英国公张惟贤、内阁首辅方从哲等十三人进宫，让皇长子出来见他们，颇有托孤的意思，并下令将崔文升逐出皇宫。

鸿胪寺丞李可灼说有仙丹要呈献给皇上，太监们不敢做主，将事情禀告内阁大臣方从哲，方从哲说：“彼称仙丹，便不敢信。”接着，内阁大臣们进乾清宫探视朱常洛，朱常洛此时已着意安排后事，将皇长子交由阁臣小心辅佐，又问起自己的陵墓的营建事宜。在安排好一切之后，朱常洛问：“有鸿胪寺官进药，何在？”方从哲说：“鸿胪寺丞李可灼自云仙丹，臣等未敢轻信。”朱常洛自知命在旦夕，遂抱着试一试的想法，命李可灼入宫献药。到中午时分，李可灼调制好一颗红色药丸，让皇帝服用，朱常洛服完红丸后，感觉还好，让内侍传话说：“圣体用药后，暖润舒畅，思进饮膳。”傍晚，朱常洛命李可灼再进一粒红丸，尽管御医们都表示反对，但是朱常洛坚持要再服一颗。于是，李可灼再让皇帝服用了一颗红丸，服后，朱常洛感觉安适如前，没有什么不良反应。

朱常洛驾崩，廷臣纷纷议论，指定李可灼、红丸是致皇帝暴毙的罪魁，而且还牵涉到方从哲。不过，方从哲、李可灼对于朱常洛服药，本就是抱着一试的希望，对于朱常洛的死并不要负什么责任。后来，内阁大学士将进药的前后始末详细地在给熹宗的奏疏中说明，才使方从哲摆脱了困境。红丸，其实与嘉靖皇帝当初服用的红铅丸类似，是用妇人经水、秋石、人乳、辰砂调制而成，性热，正好与当初崔文升所进的大黄药性相反。本就虚弱的朱常洛，在最后的岁月连遭性能相反而且猛烈的两味药物的折磨，便暴毙而亡，在位仅仅一个月，年仅三十九岁。