明光宗即位，征召邹元标为大理寺卿，尚未到任，被提拔为刑部右侍郎。邹元标重返朝廷，有感于朝内党派纷争，大臣各怀偏见的情况，向明熹宗进谏“和衷”之议，说：“现在国家这个样子，都是二十年来各大臣纷争酿造成的。过去不选拔人才、礼让贤能，却天天嫉贤妒能，压制人才，讨论事情的人又不能心平气和，反而专门致力于分立门户派系。卑臣以为今天最要紧的，只是朝廷大臣彼此和睦而已。朝廷大臣和睦了，天地之间自然就和顺了。
以前讨论人和事，每个人都心怀偏见，偏见导致迷乱，迷乱导致固执，固执转而自私，不再知道有别人，国家的灾祸就降临了。现在跟各大臣立一个约定，讨论一个人应该公平，不要轻易下笔做结论；讨论一件事应该借鉴以前的经验，考虑它的后果，不要不加思考、轻信传闻。用天下万世的良心，来衡量天下万世的人和事，则议论公平，而国家能享受安定和平的幸福。”于是，推荐涂宗浚、李邦华等十八人。明熹宗优先下诏，嘉奖并接受了。过了二天，又陈奏发掘选拔人才、理财振军等数事以及保证安宁的四项规条，并请求征召录用叶茂才、赵南星、高攀龙、刘宗周、丁元荐，而抚恤、登用罗大大纮、雒于仁等十五人，明熹宗也赞同接纳。
当初，邹元标站在朝廷上，正直威严，令人生畏，晚年努力争取做到和睦平易。有人议论他赶不上刚开始做官的时候有气魄。邹元标笑着说：“大臣跟言官是有区别的。风度超绝，是言官的事情。大臣关心的不是大的利益和损害，就是应当保护扶持国家，怎么能像年轻人那样怒形于色呢？”这时结帮拉派十分兴盛，邹元标讨嫌这种做法，想改正这种陋习，所以他举荐引用的人不拘一格。曾经想推举任用李三才，因言路不通，邹元标没有坚持。王德完讽刺他首鼠两端，邹元标也不计较。南京御史王允成等人以为他们二人有矛盾，请求明熹宗下诏调解。
邹元标说：“我与王德完从来没有矛盾，这一定是有人在从中捣鬼。我曾跟朝中大臣说：‘当今皇帝年幼，敌人就在国门边上，只有同心协力、同舟共济了。倘使再党同伐异，对国家来说就是不忠，对家庭而言就是不孝。世上自有不偏袒、不结党的正道，为什么总是在窝里斗个没完呢？’皇帝即位已经很久，但前朝被废黜、死亡的各臣还没有得到赠封照顾，邹元标再次上疏阐述抚恤大典，言辞更为恳切。不久，改任吏部左侍郎，未到任，授官左都御史。
主管在外地官员的考核，离职或是留任全凭公论，御史潘汝祯、过庭训一向有人议论，等过庭训官期任满，潘汝祯的评价充满了赞扬的话。邹元标上疏弹劾，二人一起称病离职。不久，邹元标对京官的考核不公正，专门打击压制跟自己意见不一致的人，请求明熹宗收留录用章家祯、丁元荐、史记事、沈正宗等二十二人。由此各臣多得到平反昭雪，又说：“公开下诏征召被遗失的人才，但各老臣的官阶还是三十年前就应该得到的，应该增加三品抬高他们的官级，表示陛下褒扬尊敬年高德重之人的美德。”明熹宗采纳了他的意见，于是北京和南京的太常寺、太仆寺、光禄寺三卿各增加了二个名额。
孙慎行议论“红丸案”，邹元标也上疏说：“人之所以存在，是因为有三纲五常。三纲五常所以确立，是因为有信史。我去年乘船经过南中，南中的知识分子都说先皇帝突然驾崩，死因不清楚，传闻不可轻信。我开始还不以为然。等到进入北京城，跟人说起先皇帝有大德，应该尽快记入信史。
各大臣说：‘提到先皇帝弥留之际的大事，叫人停笔不敢下，有谁敢担当这个责任？’我开始对前些天听到的话有了怀疑。首辅方从哲不伸张讨伐逆贼的正义，反而实行奖赏奸细的法令，即使是无心做事，又怎么向世人解释交待。况且方从哲执政七年以来，没有听说有什么建树，只听见说骑在马上一天打三次仗，损失我国十万士卒。请问是在谁当政期间，使先皇受到震惊，奸邪之人闯入内宫、豺狼当道，扰乱朝政？方从哲如何回答？从来惩戒乱臣贼子，都是依靠信史。信史耽误于今天，不知到何时才能写成？”当时刑部尚书黄克缵观望内廷的意图，小官吏们都跟着他，而方从哲世代定居京城，盘根错节的关系不少，崔文升一帮人迎合内廷，极力追究孙慎行和大家的议论，都不能陈述。不久，孙慎行和王纪一起被驱逐，邹元标上疏挽留，明熹宗不听。
邹元标自从回到朝廷以来，不危言耸听，不发表过激言论，对于事物没有猜疑。然而奸诈小人因为他是东林党人，还是忌恨他。给事中朱童蒙、郭允厚、郭兴治担心明年考核京官对他们不利，暗地里想办法赶走他。正好邹元标同冯从吾创建首善书院，集合志同道合的人讲学，朱童蒙首先请求禁止。邹元标上疏辩论请求辞职，皇帝已经安慰挽留，郭允厚又上疏弹劾，语言尤其荒谬没有根据。而魏忠贤刚刚大权独揽，传旨说宋朝之所以灭亡是因为讲学，将要严加谴责。叶向高极力辩解，并且乞求一起辞职，这才下了道温和的诏书，郭兴治和郭允厚又交相上疏大力攻击，郭兴治竟然把他们比作山东的“妖贼”。邹元标更加坚定地接连上疏请求离职，下诏加赠太子太保，乘驿车回家。闭门谢客，进呈《老臣请去国情深疏》，陈述军国大计，而规劝皇帝节制欲望，人们争相传诵。
邹元标在家中病逝，享年74岁，御史张讷请求拆毁天下的讲坛，极力诋毁邹元标，魏忠贤于是假传圣旨剥夺他的官籍，追赠为太子太保、吏部尚书，谥号忠介。