河南进贡玉玺，魏忠贤想夸张这件事，命令从大明门进城，实行接受玉玺的礼仪，百官奏表称贺，黄尊素上奏说：“过去宋哲宗得到一个宝玺，蔡确等人争着说是好兆头，改年号为元符，宋朝国运最终不能长久。本朝弘治年间，陕西进献玉玺，只是命令送进朝廷，给赏钱五两。这是祖宗的先例，应该依此办理。”这事就这样中止了。被派往陕西巡视茶马互市，刚出北京城，叛党曹钦程揭发他专门攻击好人，助长了高攀龙、魏大中的嚣张气焰，于是被削籍为平民。

黄尊素忠诚正直敢于说真话，尤其有深谋远虑，刚进入官府时，邹元标确实帮助过他，黄尊素就进言规劝邹元标说：“都城不是讲学的地方，以前就有徐文贞聚众议论的先例。”邹元标没有听取采纳。杨涟将要攻击魏忠贤，魏大中告诉了他，黄尊素说：“清除皇帝身边的人，一定要有内援。杨公有这样的人吗？一旦攻击不能奏效，我们这些人将无法生存了。”万燝死，黄尊素暗示杨涟辞职，杨涟不听，最终惹祸上身。魏大中将要弹劾魏广微，黄尊素说：“魏广微是小人之中的小人，过快地攻击他，他会铤而走险的。”魏大中不听，魏广微更加投靠魏忠贤，从而酿成了大灾难。

这时，东林党充满朝廷，东林党自身又以来源地的不同分为几个派系，江西章允儒、陈良训跟魏大中有过节，而魏大中想驳斥尚书南师仲滥发抚恤，陕西人也不大高兴，黄尊素赶忙告诉魏大中，制止了他。最后，山西尹同皋、潘云翼想推举他们的座主郭尚友为山西巡抚，魏大中因为郭尚友几次追究前朝留下来的大臣，执意不同意。黄尊素引用杜征南多次联系洛阳一带的权贵为例劝告他，魏大中最终没有听取，推举任用谢应祥，灾难由此发生了。

汪文言刚下狱时，魏忠贤就想罗织各人的罪名，当他得知是黄尊素从中化解时，就更加忌恨了，魏忠贤的党羽也因为黄尊素多智谋，想杀死他。正好苏州一带谣传黄尊素想效法杨一清诛杀刘瑾的榜样，让李实充当张永的角色，传授给他秘密的计谋。魏忠贤非常害怕，派遣四个密探到苏州一带刺探情报，侍郎乌程人沈演居住在家，报告魏忠贤说：“事情有眉目了！”当天派使者呵斥李实，拿走了盖有图章的空白奏疏，列上黄尊素七个人的姓名，于是逮捕他。

使者来到苏州，碰到苏州城内围攻逮捕周顺昌的旗官，城外的人攻击逮捕黄尊素的人，负责逮捕的人把逮捕证给丢了，不敢到达。黄尊素听说了，立即穿上囚服到衙门投案自首，许显纯、崔应元严刑拷问，勒索赃款二千八百两，五天一次追掠。不久，得知狱卒将要谋害自己，黄尊素叩头谢皇上、父亲的恩惠，写诗一首，于是自尽，终年四十三岁。