丁忧服满的王徵，在登莱巡抚孙元化的荐举下获授辽海监军道，协助同为天主教徒的孙氏练兵。孔有德率部在吴桥叛变，且陷登州城，孙元化在自刎未遂后，与王徵等官同遭叛军所掳。孔有德用耿仲明之计，尽放孙元化和王徵等人还朝，孙元化遭弃市，王徵则很幸运地因友人来于廷加意为其昭雪，而仅发送附近卫所充军，于廷其时适以刑部山东司员外郎的身份审理此桉，稍后，王徵遇赦还家。

王徵赦归之后，因流寇猖獗，乃在地方募乡兵以自卫，据《鲁桥镇志》中申氏小传的记载，他当时“忧深国事，克意图贼，夙夜匪懈，终身不入内室”，其实，他不入内室的主因，应为避免加重违反教规之罪，或由于申氏与王徵仅有过相当短的正常婚姻生活，以致她一直不曾生育。王徵此时对天主教的信仰益发虔诚，四处募款营建景天阁教堂。

年已六十六岁的王徵，下定决心要将其婚姻问题彻底解决，他公开发表〈祈请解罪启稿〉一文，承认自己曾严重违反“十诫”的教规，并称日前偶读及《弥格尔张子灵应奇迹》和《口铎日抄》中有关自己曾宣称不愿娶妾一事，更觉羞愧悔恨，故立誓从今而后，视申氏一如宾友，且断色以求解罪。但王徵或与杨廷筠一样，仅将申氏异处，而非休弃，此故，申氏于王徵死后仍被要求为王家掌理家务。

李自成陷西安，王徵听闻李自成欲其出来做官，于是先自题墓石曰《有明进士奉政大夫山东按察司佥事奉敕监辽海军务了一道人良甫王徵之墓》，又书《精白一心事上帝，全忠全孝更无疑》等字付其子永春，更引佩刀坐卧家中的天主堂准备自尽，声言欲“以颈血谢吾主”。后李自成的使者果至，王徵遂拔所佩高丽刀欲自杀，使者上前夺刀，拉扯间使者伤手出血，大怒，本欲执王徵以行，经永春哀求，使者乃系永春回见自成，王徵谓其子曰：“儿代我死，死孝；我矢自死，死忠，虽不能不痛惜，儿愿以忠孝死，甘如饴也！”遂从此绝粒不复食，后七日卒。

王徵晚年正逢李自成起义，当他面对国亡的残酷事实时，他必须在“大节”和“十诫”之间立做判断，深浸于儒家传统的王徵，毅然选择了自杀尽节。