朱斌由京城回到江南的这一刻开始，大明王朝历史上摧毁大明王朝基石的大规模的农民起义，正式拉开了帷幕，而无数在明朝末年的风云人物，也即将纷纷粉墨登场，在中原大地上展开一场前所未有的角逐！
崇祯六年五月，闯王高迎祥与张献忠、罗汝才等转战于晋、豫、冀三省交界地区，消耗很大，逐渐处于困境。八月，高迎样在河南淇县被明将汤九州打败，身负重伤，幸赖战马腾跃脱险。
就在同一年冬天，高迎祥带领贼兵二十四营十余万人南下豫北，明军追踪而至，形成包围之势。高迎祥等为摆脱困境，南渡黄河，向明军力量薄弱的河南腹地进军。一月之中，控制了大半个河南省，并分兵五路，攻击武关，四川、陕西、湖广等地官军纷纷告急。明廷即令陈奇瑜总督陕西、山西、四川、河南、湖广五省之军务，向贼兵展开反扑。
这一年，江南省在未上报朝廷的情况下，开始与西洋商人通商。江南巡抚朱斌成立“江南通商总署”，以陶一元为首，与佛郎机人伦德尔、科隆人佛力奇司在经过艰苦的谈判之后，一条从江南通往西洋的经商道路打开。
崇祯七年正月，高迎祥等破房县、保康入四川。二月攻夔州、破大宁，为四川石砫宣抚使秦良玉所扼。高迎祥分义军为二路，一路走湖广，另一路由高迎祥率人马冲破明军防线进入到陕西南部。
二月底，江南巡抚朱斌上书朝廷。言贼兵此次必败。然陈奇瑜不可重用，需当换将而为之。崇祯未采纳其言，下书斥责朱斌只管管理好江南诸事。催督粮，朝廷用将自有朝廷之思。
朝廷的斥责令一下，朱斌将自己关在衙门之中，三日不曾见客，诸将苦劝皆不肯出。三日后，朱斌忽出。大笑曰“凡事自有它的道理，我等只需做好自己地事情，将来朝廷总有用得着我们地时候，现在又何必自寻烦恼？”
是年三月十六，朱斌同时迎娶蓝渺渺、米小脂二人为妾，大宴宾客七日，陶家财力竭尽，是为江南奢华之事。
朱斌娶妾。朝廷随后即知，崇祯以玉珠两串相贺，并好言告勉。吴三桂亦由边关送来贺礼，并手书一封。最末言：“色，男人好也。兄亦准备效仿娶二妾也……”
朱斌大笑，以吴三桂手书示于宾客，只说：“知我者，兄长也！”
其后崇祯亦知此事，言心腹太监曰：“武英侯果然风流人物，此等人必无野心……”
凡朱斌事崇祯无不第一时间知晓，朱斌多方探查朱斌安插在自己身边卧底，未果，乃命黄溪小心从事。其时黄溪俨然已为朱斌手下第一情报来源，江南诸地，皆有其耳目存在。
六月，高迎祥、李自成等为陈奇瑜、卢象升、洪承畴所败，损失惨重，误入车厢峡，被明军包围。峡长四十里，群山矗立，栈道阻断。又逢连雨二十日，弓矢皆湿，粮草匿乏。
七月，李自成献计伪降，用珍宝贿陈奇瑜左右及各将帅，要求投降。陈奇瑜允许他们回籍耕田。贼兵就突破其包围出车厢绝谷，北走宝鸡。不久与张献忠再次在关中汇合，势力复振。他们在北至庆阳、南至盩厔，西至平凉、东至潼关的广大区域内连续作战，不断取得胜利，队伍也不断壮大。
陈奇瑜因失败被捕下狱，后戍边，樂祯以洪承畴代陈奇瑜为五省总督。
官兵之败传到江南，诸将皆言朱斌有先见之明，能人所不能能。朱斌毫无喜色，只命郑天瑞等人押运粮草，以为剿匪之用。
这一年中，江南各地共成立火炮、火器工厂十一处，船厂八处，聘请西洋技师八十一人，朱斌又亲自手绘图纸，命令孔浙扬亲自掌握的工厂秘密生产自己研制地火器。
至这一年的年底，江南军经过反复淘汰，扩编至八万人，又多方采购战马，编练至精锐骑兵一万七千人，分由诸将统领。
崇祯七年间江南省的各种财政收入，除上缴朝廷之外，半数用于军事开支。至于这一年朱斌究竟聚敛到了多少银子，有传闻说为二千八百万两，已超过朝廷财政总收入。对此武英侯朱斌竭力否认，却不肯明言究竟收入多少！
也就是在这一年间，后金军第二次入塞，蹂躏宣府、大同一带。吴三桂率军与后金反复血战，胜多败少。最辉煌的一次胜利，斩首一百七十八级，后金兵闻吴三桂之名而色变。
十二月，高迎祥、李自成联军自陕西入河南，攻克卢氏，并很快控制了洛南到南阳一带地区。
祟祯八年正月，高迎祥等破河南上蔡、阳、固始，贼兵共约二三十万人。得知洪承畴出关，与山东巡抚朱大典合兵来攻，贼兵中最强大者十三家七十二营首领聚会于阳，共商战略。
李自成提出“宜分兵定所向，联合作战，分兵出击”之策，分路发展，以疲敌军。决定出兵四路，西、南、北三面防御，主力向东突围。高迎祥与张献忠部东征安徽，攻打官军之薄弱点。一路势如破竹，连下固始、颖州、寿州等县，直薄凤阳，并焚烧了明皇陵，整个大明朝廷为之震动！
贼兵取得凤阳大捷后，高迎祥与张献忠分兵，西趋归德，进屯新郑、密县，入南阳。四月，又与罗汝才部由诸县、灵宝、陕州进入陕西，与张献忠会师于凤翔。
此后，高迎祥一直转战于陕、豫等省，明军将士闻风丧胆，使洪承畴难于兼顾。明廷乃命卢象升总理直隶、河南、山东、湖广、四川军务与洪承畴分掌军务，又不得胜，官兵左右为难。贼兵势大。朝廷一时间无计可施。
这一年，江南正在以飞一般的速度
大着自己，到处可以见到干得热火朝天的工厂。到得汗流浃背，但却喜动颜色地农民，到处可以看到训练着地虎虎生风的士兵，也到处可以看到从各地而来的饥民……