单以局部战场的形势而言，南昌清军其实还有很大把握能够继续坚持下去，即便注定城池难保，拖住江西吴军一段时间，让江西吴军在攻城战中付出一定代价，都是绝对没有任何问题。
原因有二，首先南昌曾经是清军与太平军长期拉锯作战的主战场，不但粮草颇多，驻扎得有清军重兵，城防设施还几经加固完善，又在城外修筑了大量的坚固工事，扼制住了城外的大小道路和各处要害，就算无法守住也能逼着吴军把这些外围工事逐一拔除，然后才能发起攻城作战。
第二个重要原因就是江西吴军的准备不够充足，仓促从东乡一带撤回来的吴军刘铭传和王国才两部连粮草都无法保证获得稳定的补给，不但要优先攻取抚州、丰城等地夺取粮草，还得分兵拦截从江西西南部赶来南昌增援的清军，在一定时间内根本就无法全力攻打南昌，自然也就很难对守备完善的南昌形成致命威胁。
局部战场上南昌清军倒是还能坚持一段时间，然而从整体战场上来看，南昌清军却已经是秋后的蚂蚱，注定蹦达不了几天了。除非奇迹出现，否则南昌城被吴军攻破注定就只是时间问题，没有半点咸鱼翻身的希望。
情况也的确注定如此，江西吴军和太平军联手扼守九江、湖口一线，堵住了江西清军的北线，湖广的吴军主力堵住西面，太平军主力又堵住东面，正南面的两广清军不但实力不足，还同样受到吴军和太平军威胁，根本没有办法也没有力量向江西清军伸出援手。南昌清军要想自保，唯一的指望也就是江西省内的其他清军队伍。
江西马秀儒做了一定的垂死挣扎，吉安、袁州和赣州等地的江西清军也硬着头皮赶来了南昌增援，可是却全都是刚逼近南昌就被吴军杀溃杀退，不得不狼狈而逃。不断招降纳叛壮大实力的江西吴军还以降兵为先锋，接连攻下了建昌和德安两城，疏通了陆上粮道，为长期围攻南昌坚城夯定了坚实基础，也彻底粉碎了马秀儒依靠本省清军自救的美梦。
给南昌清军以致命一击的当然是吴超越和杨秀清签订的互不侵犯条约，吴军和太平军化敌为友之后，江西吴军不仅再用不着过于担心来自太平军的背后捅刀子，能够集中全力优先对付负隅顽抗的南昌清军，吴军运粮船队还可以通过鄱阳湖和赣江水道源源不绝的把粮草弹药送到南昌前线，江西吴军甚至都用不着强行攻城，光凭围城对耗，饿都可以把南昌清军活生生饿死。
南昌城里的粮食是还算充足，但是城里的粮食再多也是吃一口少一口，而湖广两省早在明朝时就已经是号称湖广熟，天下足，这会又没有了漕粮的负担，南昌清军想凭一城存粮耗过湖广两省的粮食，当然是螳臂当车，不自量力。这道理别说是博学多才的马秀儒了，就是一个普通的清军士兵都懂。
也正因为知道南昌迟早会落入吴军魔爪，再怎么的垂死挣扎都是注定毫无希望，对满清朝廷忠心耿耿的马秀儒才硬着头皮接下了两宫皇太后和鬼子六等人颁布的密诏，按照鬼子六等人的安排，派遣了密使潜往湖口和太平军联系，违心的主动请求把南昌城献给太平军，也准备不玩任何花样的把南昌城献给太平军。
然而即便如此，即便是奉了密诏行事，马秀儒却还是不敢把这件事公诸于众，因为马秀儒非常清楚，一旦城里的士绅军民知道自己准备把南昌城献给太平军，那城里肯定马上就是天翻地覆，骂声四起不说，说不定还会有人先下手为强，抢先打开城门向吴军投降。
因为太平军杀富济贫，得穷苦百姓支持，失士绅地主之心；而吴军打出的起兵旗号不但是厚颜无耻到了极点的清君侧，还从不盲目的一味杀大户斗地主讨好穷苦百姓。两害取其轻，纷纷从江西各地逃来省城避难的地主士绅自然会做出聪明选择。
“两位圣母皇太后，六王爷，你们真是把微臣架在火炉上烤啊！”
哀叹着这句发自肺腑的话，马秀儒也早早就对知道内幕的几个心腹暗中嘱咐，让他们在太平军进城之后第一时间打开没有受敌的东门，放城中不愿投降太平军的官民士绅出城逃生。同时马秀儒还多留了一个心眼，把鬼子六亲笔那道密诏藏在了一个只有自己儿子知道的安全地方，以免将来鬼子六等人翻脸不认人，过河拆桥把所有黑锅都扣到自己头上，进而连累到自己的儿孙。
做完了这些安排后，马秀儒便也不再怎么理会城中事务，每日枯坐深思，心如缟素，煎熬着等待太平军前来接收南昌。好在吴军方面因为连续作战的缘故，也暂时放缓了对南昌的进攻，耐心只是逐一拔除南昌城外的清军工事，磨刀不误砍柴工的逐渐扫除城外屏障，倒也便宜了马秀儒能够静心等待。
度日如年的等待中，该来的终于还是来了，四月二十六的深夜三更过半时，守卫南昌水道门的马秀儒心腹陈千突然派人送来急报，说是赣江下游突然出现了一支船队，直接向南昌这边驶来，同时驻守在北门外的吴军王国才部营地也出现了异常动静，似乎正在仓促应变。马秀儒闻报不敢怠慢，赶紧领了亲兵匆匆赶到水道门上查看情况。
那支神秘的船队来得很快，马秀儒才刚登上水道门，那支大部分由民间船只组成的船队就已经进入了水道门守军的视野之中，还大量点燃了火把让清军看清楚他们的模样，结果举起单筒望远镜只看得一眼，马秀儒也立即看到，那支船队所悬挂的旗帜，的确是太平军的军旗。
事前肯定是做梦也没想到太平军水师会突然来到南昌，驻扎在南昌城北的吴军王国才部当然来不及设置什么水栅铁索之类的障碍物阻止太平军船队靠近南昌水门，那支几乎没有什么武装的太平军船队也乘机直接开到了南昌水道门下，为首一员大将放声大喊，“城上的人听着，快去告诉你们的巡抚马秀儒，我们太平天国的大军来了！”
“告诉马秀儒，本官乃是韦俊韦国宗的麾下大将钟廷生，奉了韦国宗之命，应邀前来接收南昌！只要你们遵守诺言，开城投降，南昌城里不管任何人都可以活命，也都可以自愿离开，我们不杀一人，也绝对不抢你们的钱粮！快！”
“快！超越小妖的妖兵就要来了，再不开门就晚了！告诉马秀儒，他如果言而无信，骗我们白跑一趟，我们马上就帮着超越小妖攻城！到时候南昌城破，一切后果由你们承担！快开城门！”
水道门所有人的目光都集中到了马秀儒脸上，其中不少不知情的人目光中还尽是震惊和难以置信，马秀儒瘦削了许多脸颊上也缓缓流下了两行泪水，哽咽了许久才勉强说出了一句话，“打开……城门，让他们进来。”
“抚台大人！”心腹参将陈千第一个向马秀儒双膝跪下，带着哭腔说道：“抚台大人，不能开城，不能投降，我们还能打，我们誓死与南昌城共存亡啊！”
“没用。”马秀儒痛苦的摇头，哽咽着说道：“吴贼重兵围城，我们已经没有援军了，城里的粮食也支撑不了多久，与其让你们白白送死，倒不如开城向长毛投降，保住你们的性命。也让……。”
哽咽着说到了这里，马秀儒终于还是忍不住哭出了声音，违心的说道：“也让南昌城为大清朝廷尽到最大的作用，为我大清朝廷将来平长毛……，剿吴贼，起到最关键……，最有效的作用……。”
“抚台大人，可我们还能打啊？”
许多清军将士和陈千一样的哭喊了起来，马秀儒却更加痛苦的摇头，哭喊道：“不要再说了，开城门！打开水道门！这是本巡抚的命令！也是……，我最后的命令！”
也亏得守卫水道门的清军全都是马秀儒的抚标，对马秀儒最为忠心，也受马秀儒的恩惠最多，马秀儒的这道命令才得到了执行。违拗不过马秀儒的坚持，陈千只能大哭着冲掌握闸门的部下下令，让部下转动绞盘吊起水门的铁栅栏，掌握绞盘的清军士兵同样是眼泪滚滚，嚎啕大哭着艰难转动绞盘，一点一点的拉起了水门下的铁栅栏…………
城下水面上的太平军明显是一群贪生怕死的宵小之辈，即便水门已经拉起也没有急着进城，只是派出两条小船先进门查看情况，确认了城中并无埋伏之后，统兵的钟廷生才大手一挥，让满载着太平军士卒的船只冲进城内。而与此同时，仓促出营的吴军王国才部，才刚刚在营外集结完毕，向南急行而来……
太平军士卒成功登上城中陆地的欢唿声逐渐在城下响起，南昌城内也逐渐传来了遭遇聚变的惊叫声音，成功引狼入室的马秀儒却益发的泪流满面。犹豫了片刻之后，马秀儒还颤抖着拿出了一道折子，交给了自己从巡抚衙门带来的心腹幕僚赵守谦，又从怀里掏出了一个小药瓶，最后才对赵守谦说道：“克苠，那是我的遗折，拜托你了，不管想什么办法，一定要送到京城。”
“东翁，你要做什么？！”
赵守谦惊叫，发现情况不妙赶紧想要阻止，时间却已经晚了，马秀儒已经飞快拔出了手中药瓶的瓶塞，把瓶中的砒霜全部倒进自己口中，抢在赵守谦和陈千阻止之前把砒霜咽下口中。陈千和赵守谦等亲信阻拦不及，只能是一起跪倒在马秀儒的面前放声大哭，马秀儒却含着眼泪说道：“别管我了，想走就赶紧走吧，你们只要记住我把南昌献给长毛，是为了向皇上尽忠就是了。”